Dne 25. dubna 2022 se uskutečnilo krajské kolo Středoškolské odborné činnosti v Uherském Brodě. Naši školu reprezentovaly dvě žákyně. Šárka Ševčíková ze 3. A se umístila na 6. místě v oboru zdravotnictví s tématem Vliv životního stylu na poruchy pohybového aparátu. Pomyslnou zlatou medaili, a tudíž i postup do celostátního kola získala Vendula Milotová ze 4. A. Soutěžila v oboru chemie s tématem práce Posouzení využitelnosti predikovaných 3D struktur proteinů pro nalezení fosforylačních míst.
Studentkám gratulujeme a děkujeme za reprezentaci našeho gymnázia. Vendule přejeme mnoho štěstí v celostátním kole, které se uskuteční 10. - 12. června v Kutné Hoře.

A pokud vás téma Venduliny práce zaujalo a rádi byste se o něm dozvěděli něco víc, zde máte možnost:

"Ve své práci jsem se zabývala otázkou, zda mohou být struktury predikované pomocí AlphaFold algoritmu využity k predikci fosforylačních míst. Fosforylace proteinů je jedním ze základních regulačních mechanismů, které ovlivňují reakci buněk na změny v okolním prostředí. Experimentální studium fosforylace je nesmírně časově i finančně náročné, a proto se mnoho skupin po celém světě věnuje predikci fosforylace. Skupina CUSBG (https://bioinformatika.mff.cuni.cz/cusbg/) na Univerzitě Karlově, do jejíž práce jsem se v rámci SOČ zapojila, se pak pokouší vyvinout nástroj pro predikci fosforylačních míst z 3D struktury proteinů. Významným přelomem ve strukturní biologii byl algoritmus AlphaFold, který dramaticky zvyšuje dostupnost 3D struktur proteinů.

Zaměřila jsem se na porovnání odlišnosti mezi konkrétním AlphaFold predikovaným nefosforylovaným a fosforylovaným experimentálně určeným místem na aminokyselinách tyrosin, serin a threonin, jelikož se jejich fosforylace vyskytují v buňkách nejčastěji. Snažila jsem se dále zjistit, zda se dá jednoznačně říct, jestli je za rozdíly mezi těmito dvěma strukturami zodpovědná fosforylace proteinů, nebo nepřesnosti v predikci AlphaFoldem. V práci ukazuji, že AlphaFold modely jsou často velmi podobné experimentálně určeným strukturám, a tedy použitelné – predikované struktury jsou také častěji podobné experimentálně určeným strukturám ve fosforylovaném stavu."